Ubuntu 16.04にeclipseベースのSystem workbench for STM32をインストールしたところ、異常に重くてほとんど使えませんでした。
topコマンドで調べるとjavaプロセスがCPUをほぼ100%使っている状態でした。
解決策はここで見つかりました。GTK3に起因するバグらしいです。
askubuntu.com
eclipse.iniを開き、--launcher.appendVmargsの行より上に次の2行を追加します。
--launcher.GTK_version
2
これでようやくPCもおとなしくなりました…